El Sistema Educativo Estatal Regular fue observado por parte de la Auditoria Superior del Estado en la cuenta pública del 2017, por no tener una normativa y procedimientos para el registro, operación y control de los recursos aportados por los padres de familia para el funcionamiento de las escuelas Preparatorias que pertenecen al SEER.
Es decir, el órgano fiscalizador ha observado a ese ente porque simple y sencillamente las cuotas que aporta cada padre de familia mes con mes para que sus hijos cursen el nivel medio superior en alguna de las preparatorias de este sistema educativo, no se tiene un control de cuanto se recauda y mucho menos su destino.
En la revisión que realizó la Auditoria, se explica que la titular del SEER les giro un oficio número DG/DSA/1147/2018, donde el Subdirector de Educación Media terminal y superior se compromete a elaborar un manual de procedimientos para la operación y control de ingresos propios de los Planteles Educativos.
Sin embargo, la Auditoria no admitió este documento, por lo que emitió la promoción de responsabilidad administrativa sancionatoria en contra del Sistema Educativo Estatal Regular.
